イチゴの遺伝子情報をもっと使いやすくするデータ参照ツール「Easy GDB」

現在、イチゴのゲノム情報は世界各地の研究機関で解析が進められ、日々新しいデータが公開・更新されています。しかし一方で、これまで、異なる機関により構築された複数のイチゴゲノムデータベースが併存し、同じ遺伝子であってもデータベースごとに情報の対応関係が分かりにくいという課題がありました。そこで当イチゴプロジェクトでは、バイオインフォマティクスを担当する深沢嘉紀准教授が中心となり、これらのデータベースを横断的に整理・統合し、同一遺伝子の情報を簡単に対応づけて確認できるデータ参照ツールを開発しました。

本ツールでは、米国の研究グループが作成したv4版ゲノムアノテーションと、テロメアからテロメアまでを網羅した最新版のv6アノテーションを相互に参照できるようになっており、異なるバージョン間での遺伝子対応付けを容易に行うことができます。
これにより、遺伝子名の対応確認や機能情報の参照を、これまでより効率的に進めることが可能となります。

▼ Easy GDB（Gene Database）
https://strawberryatlas.org/easy_gdb/

サイト内メニューの Tools → Gene Version Lookupをクリックして下さい。論文やデータベースごとに遺伝子名が違っていて分かりにくいときや、以前の解析結果を最新のゲノム情報と照らし合わせたいとき、複数のデータベースの情報をまとめて確認したいときに、ぜひ活用してください。